По замыслу создателя этого ансамбля – ростовского митрополита Ионы – церковь Спаса входила в комплекс важнейших парадных построек: центрального корпуса Митрополичьих палат (ныне «Самуилов корпус») и парадной трапезной (Белая палата). Датой постройки церкви Спаса на Сенях считается 1675 год. Эта дата упоминалась в надписи на храмозданном кресте, еще сохранявшемся в церкви в XIX веке.