Митрополит Ростовский Иона Сысоевич не мог похвастать своей родовитостью, его отец был простым попом на глухом погосте близ деревеньки Ангелово, что неподалёку от Ростова. Иноческие годы Ионы прошли в Угличе, в Воскресенском монастыре. Затем он становится настоятелем ростовского Белогостицкого монастыря, а в 1646-1652 годах -- архимандритом ростовского Богоявленского Авраамиева монастыря. В 1652 году Иона поставлен патриархом Никоном в митрополиты Ростовские и Ярославские.
Однако союз с опальным патриархом дорого обошёлся Ионе. Став в 1662 году местоблюстителем Патриаршего престола, Иона пытался лавировать между царём и Никоном. Развязка наступила в ночь с 17 на 18 декабря 1664 года. В Успенском соборе Московского кремля шла заутреня, на которой присутствовал Иона. Вдруг двери с шумом распахнулись и в собор ворвался бывший патриарх Никон. Устроив этот "переворот", Никон предложил Ионе принять у него благословение (то есть подтвердить легитимность уже опального патриарха), что Иона в страхе и сделал. За ним потянулись прочие священнослужители и простой народ.
За потворство смуте, учинённой Никоном, Иона имел серьёзный разговор с Алексеем Михайловичем, за коим незамедлили появиться соответствующие поступку выводы (заметим, что Иона ещё легко отделался, сумев убедить царя, что сделал всё ненарочно, а исключительно под влиянием испуга от внезапного появления Никона). Собранный по сему случаю Архиерейский собор утвердил царское решение и Иона был отправлен обратно в Ростов, где и прославил себя как великий строитель. Что, впрочем, не помешало ему активно участвовать в жизни первопрестольной, сохранились личные связи, влияние, Иона присутствовал на соборах почти каждый год.
Руководил ростовской и ярославской паствой Иона до 1690 года, когда скончался, выйдя, незадолго до этого, на покой.