Известно, что Ростов был подвергнут опустошительному разорению в эпоху Смуты начала XVII в. Встает вопрос: какой оказалась судьба архивов большинства ростовских монастырей и Ростовского архиерейского дома в тот период? С большей или меньшей уверенностью ответить на данный вопрос позволяют источники ХVII - начала XVIII вв.
Так, царская жалованная грамота 1614 г. Ростовскому Борисоглебскому монастырю свидетельствует: "И как де приходили в Борисоглебский монастырь литовские люди, и те де литовские люди монастырь разорили, образы окладные ободрали, и казну всякую поймали, и отцев и слуг многих посекли, и прежних государей царей и великих князей всея Русии жалованные грамоты у них поимали, и тое жалованную несудимую грамоту у них взяли"1. О гибели документов Ростовского Петровского монастыря при пожаре монастырской соборной церкви ("а сожгли тес церковь литовские люди") говорит грамота 1645 г.2 По всей видимости, во время захвата Ростова "литовскими людьми" в 1608 г. в огне пожара "владычных хором"3 погиб архив Ростовского архиерейского двора. Об этом косвенно свидетельствует и то, что, судя по описи архиерейского архива 1691 г., самые ранние из имевшихся в них документов датировались временем царя Михаила Федоровича4. В том же пожаре, очевидно, сгорели и документы приписного к архиерейскому дому Григорьевского монастыря. Очевидно, в эпоху Смуты исчез и архив Спасского на песку монастыря, что косвенно подтверждается наиболее ранней из дошедших до нас монастырской описью 1719 г. В ней фигурируют грамоты, относящиеся к 1613/14 г. и более позднему времени5. О сходной печальной участи, постигшей архив находившегося рядом со Спасским Зачатьевского (Яковлевского) монастыря, говорит тот факт, что в жалованной царской грамоте 1678 г. о приписке Зачатьевского монастыря, к Ростовскому архиерейскому дому имеют место ссылки лишь на грамоту царя Михаила Федоровича и более поздние документы6.
Несмотря на полное разорение и даже уничтожение большинства построек Троице-Варницкого монастыря в Смутное время, монастырю каким-то чудом удалось сохранить часть своих жалованных грамот XVI в.7 Судя по тому, как Авраамиев монастырь оперировал в XVII в. целым рядом своих документов, датировавшихся серединой и даже началом XVI в.8, можно считать, что его архив счастливо пережил эпоху Смуты. То же самое утверждение справедливо и для архива Белогостицкого монастыря9.