В северной части Ростова, на берегу озера Неро расположен один из древнейших монастырей северо-восточной Руси – Авраамиев Богоявленский. Предание связывает его возникновение с деятельностью преподобного Авраамия, который при помощи жезла, переданного ему апостолом Иоанном Богословом, разрушил идол языческого бога Велеса. Первое упоминание о монастыре в письменных источниках относится к 1261 г. С самого начала монастырь возглавляли архимандриты: в средневековую эпоху он считался одним из наиболее значимых в Ростове.
Начало каменного строительства в обители относится к эпохе Ивана IV Грозного. Согласно преданию, царь приезжал в монастырь на богомолье перед Казанским походом. В 1554-1555 гг., уже после победы над Казанским ханством, в монастыре по заказу царя был выстроен собор. Главный престол собора посвящен празднику Богоявления (Крещения) Господня. Приделы освящены в честь апостола Иоанна Богослова, преподобного Авраамия Ростовского и Иоанна Предтечи – святого покровителя царя Ивана Грозного. Собор считается памятником, возведенным в честь взятия Казани еще до постройки московского храма Покрова на Рву.
В годы Смуты Авраамиев монастырь хотя и пострадал, но быстро восстановился благодаря поддержке царя Михаила Федоровича Романова. В середине XVII в. архимандритом монастыря был Иона – будущий ростовский митрополит. Около 1650 г. по его заказу была возведена Введенская церковь, полностью перестроенная в 1802 г. в стиле провинциального классицизма. Во второй половине XVII в. была выстроена и Никольская надвратная церковь с фланкирующими башнями, дошедшая до нас в сильно искаженном виде. Ее верхнюю часть венчает колокольня, возведенная в 1829-1830-е гг. В XIX в. архитектурный ансамбль монастыря сложился полностью, он включал в себя три храма, часовню, стены, башни, жилые и хозяйственные постройки.
Накануне секуляризационной реформы, по описи 1744 г., к обители был приписан 291 двор, за ним числились 1430 монастырских крестьян. В 1764 г. монастырь был отнесен к второму классу и имел, согласно штату, одного архимандрита, одного казначея, шесть иеромонахов и пятерых послушников. Немногочисленной обитель была и в начале ХХ века.
В 1915 г. монастырь был преобразован в женский: в нем поселились монахини и послушницы из эвакуированного Спасо-Евфросиниевского Полоцкого монастыря. В 1926 г. здания монастыря были переданы Ростовскому музею, однако религиозная община перестала существовать лишь в 1929 г. В 1930-е гг. стены и башни монастыря (за исключением двух башен Никольской надвратной церкви) были разобраны. Храмы, взятые под охрану как памятники архитектуры, сохранились. Однако реставрация Богоявленского собора, начатая в советские годы, не была завершена. До 1990-х годов на территории бывшего монастыря располагались различные организации, в том числе жилье и медвытрезвитель. В 1994 г. начала восстанавливаться церковная жизнь. В 2003 г. указом Синода Русской православной церкви был создан Авраамиев Богоявленский женский монастырь. В настоящее время богослужения проводятся в надвратной церкви Святителя Николая, а также в Введенской церкви. Богоявленский собор памтник по-прежнему находится в аварийном состоянии.
Главной святыней обители были мощи основателя монастыря – преподобного Авраамия Ростовского, находившиеся в приделе Авраамия в Богоявленском соборе. В 1929 г. мощи преподобного были перенесены в Ростовский музей, где находились до 1991 г., когда они были переданы верующим. С 2012 г. мощи Авраамия Ростовского находятся в Никольской церкви монастыря.
Возле раки с мощами преподобного хранился шестиконечный крест, который, согласно преданию, был навершием трости, которой святой сокрушил идола Велеса. В настоящее время в монастыре находится одна из копий креста: его оригинал – в экспозиции музея-заповедника «Ростовский кремль».
С XVIII в. в монастыре чтили память местных святых – юродивого Афанасия и старца Пимена, подвизавшихся в обители в XVII в. В конце XVIII в. над их могилами ростовский купец Н. Хлебников устроил часовню, в которой с середины XIX в. хранились вериги старцев и совершались поминовения их. Часовня была разрушена в начале 1930-х гг.
