Смерч возник в нескольких километрах к северо-западу от Ростова. 24 августа 1953 г., около 5 часов вечера он «вошёл» в город через линию железной дороги, опрокинув два вагона с кирпичом и известью, затем проследовал по улицам Достоевского и Февральской. Далее он продолжил своё движение через западную и южную части Кремля, нанеся серьёзный урон церквям Иоанна Богослова и Григория Богослова. После этого ураган ушёл в озеро Неро, где разметал лодки в радиусе полукилометра, поднял водяной столб в несколько сотен метров, ещё некоторое время двигался по водной поверхности, «высыпая» листы железа, брёвна и другие предметы, после чего прекратился.
За 5 минут, двигаясь со скоростью около 40 км/ч, в черте города смерч проделал путь почти в 3 километра, а ширина полосы повреждений от него в разных местах составила от 200 до 500 метров.
Параллельно основному смерчу двигался второй. Протяжённость его пути была короткой, однако, сила, которой он обладал, оказалась колоссальной. Именно этот второй, параллельный смерч и нанёс серьёзные повреждения Ростовскому кремлю. Возник он у стен Успенского собора и при своём движении разрушил купола не только на главном храме города, но и на соборной звоннице, на церквях Воскресения и Спаса на Сенях в кремле. У трёхэтажного кирпичного здания – Самуилова корпуса, в котором тогда располагались основные экспозиции музея, была разрушена крыша и все окна; кровельное железо и стропила с Княжьих теремов были сорваны и отброшены на 70-80 метров; в той или иной степени пострадали и все 11 башен кремля.
Руководство восстановительными работами было поручено Владимиру Сергеевичу Баниге. Его проект реставрации Ростовского кремля был одобрен Академией наук СССР. Работы продолжались более 10 лет. Разногласия среди специалистов, перебои в финансировании, летняя жара и зимние морозы (работать зачастую приходилось под открытым небом) – лишь часть трудностей, с которыми пришлось столкнуться реставраторам. Тем не менее, уникальный архитектурный ансамбль был восстановлен, в музее были построены и открыты заново выставки и экспозиции.
