Государственный музей-заповедник «Ростовский кремль» ведёт свою историю с 1883 года. «Музей церковных древностей», как он тогда назывался, был открыт 28 октября (10 ноября по новому стилю) и расположился на территории архитектурного ансамбля бывшего Ростовского архиерейского дома (Ростовского кремля), построенного во второй половине XVII века по замыслу митрополита Ростовского и Ярославского Ионы III (Сысоевича).
Резиденция архиереев располагалась в этом ансамбле почти сто лет. По распоряжению Екатерины II церковная кафедра в 1788 году была переведена в Ярославль. Здания ансамбля, оставшись без внимания и ухода, стали ветшать и ко второй половине XIX века оказались в полуразрушенном состоянии. Попытки восстановления древних памятников Кремля предпринимались ещё в середине XIX века, они имели результаты положительные, но довольно-таки скромные. Во второй же половине XIX века по инициативе ростовского купечества стали собирать средства на масштабную реставрацию ансамбля. Деятельное участие и в реставрации, и в последующей организации музея приняли ростовские краеведы и купцы А.А. Титов и И.А. Шляков, А.Л. Кекин, братья Е.И. и В.И. Королёвы, предводитель ростовского дворянства Д.А. Булатов, ярославский губернатор В.Д. Левшин, архиепископ Ярославский и Ростовский Ионафан (Руднев). Учреждение и деятельность музея курировало Московское императорское археологическое общество. Формированию и дальнейшему расширению коллекций новообразованного музея способствовали жертвователи и благотворители из всех сословий общества, начиная с крестьян и заканчивая представителями аристократии.
Примечательно, что Ростовский музей был образован в тот же год, что и Государственный Исторический музей (ГИМ) на Красной площади в Москве, и таким образом, является его ровесником. Организация музея в Ростове была воспринята российской общественностью как событие общенационального значения. С 1910 года на содержание музея ежегодно из государственной казны выделялась сумма в 2300 рублей, что было фактом признания учреждения на самом высоком уровне.
После Октябрьской революции 1917 года Ростовский музей преобразуется сначала в Государственный музей древностей, а затем – в краеведческий. В сложной обстановке 1920-х – 1930-х годов, когда в стране происходило массовое разорение дворянских и купеческих усадеб, закрытие храмов и монастырей, сотрудники музея, проявили себя подлинными хранителями национального культурного наследия, спасая от гибели произведения иконописи и декоративно-прикладного искусства, памятники письменности и книгопечатания, документальные и материальные исторические артефакты.
В 1953 году сооружения Ростовского кремля серьезно пострадали от смерча. Реставрационные работы под руководством B.C. Баниге в 1950-е – 1960-е годы стали крупным явлением отечественной культуры. Работы продолжались более 10 лет, тем не менее уникальный архитектурный ансамбль был восстановлен, в музее были построены и открыты заново выставки и экспозиции. С 1959 года Ростовский музей становится филиалом Ярославского областного музея, спустя десять лет, в 1969 году, он вновь обретает самостоятельность и получает статус музея-заповедника. Развитие массового туризма и открытие популярного маршрута «Золотое кольцо России» в 1970-е – 1980-е годы способствовали значительному росту посещаемости музея.
В 1987 году музей произвел замену колокольных балок Соборной звонницы, после чего, при участии музейных сотрудников, возобновляются знаменитые Ростовские колокольные звоны. В 1989 году в музее проводился II Всесоюзный фестиваль колокольной музыки, положивший начало Ассоциации колокольного искусства.
С начала 1990-х годов в музее активизируется научно-исследовательская деятельность. С 1991 года проводится ежегодная конференция «История и культура Ростовской земли», по результатам которой издаются материалы чтений; также издаются сборники научных трудов «Сообщения Ростовского музея». Музеем публикуются каталоги, монографии, путеводители, буклеты.
Указом Президента Российской Федерации от 24 января 1995 года музей-заповедник «Ростовский кремль» включен в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.
В 1998 году Ансамбль Ростовского кремля был включен в Предварительный список Всемирного наследия ЮНЕСКО.
В настоящее время музей-заповедник «Ростовский кремль» является единственным федеральным музеем в Ярославской области, ведет большую научно-исследовательскую и просветительскую работу, занимается хранением и комплектацией фондов. Он также служит площадкой для проведения фестивалей и концертов не только российского, но и международного уровня. Посетителям для осмотра предлагаются уникальные архитектурные памятники, экспозиция ростовской финифти, историческая экспозиция, разнообразные выставки, открытые фонды хранения археологии, а также реконструкция древлехранилища, с которого в конце XIX века и начинался музей в Ростовском Кремле.
