В начале XXI в. ансамбль фактически заново был отстроен: появились новые стены с башнями, многочисленные корпуса, Троицкий и Сергиевский соборы, надвратная церковь во имя Кирилла и Марии.
Публикации в музейных научных изданиях, посвященные объекту культурного наследия
Аверьянов К.А. Канонизация Сергия Радонежского и начало Варницкого монастыряКаретников А.Л. Варницкая слобода г. Ростова и Троице-Варницкий монастырь в XV–XVII вв.: перспективы комплексного изучения
Колбасова Т.В. Портрет неизвестного архиерея из Ростовского Троице-Сергиева Варницкого монастыря в собрании Ростовского музея
Мельник А.Г. Ансамбль Троице-Варницкого монастыря
Степанов К.А. Фонд Троицкого Варницкого монастыря в собрании Ростовского филиала Государственного архива Ярославской области: обзор документов